Increased Sensitivity for Detection of Mutations in Exon 15 of the APCGene in Patients with Familial Adenomatous Polyposis
Zvýšení citlivosti pro detekci mutací v 15. exonuAPC genu u pacientů s familiární adenomatóznípolypózou
Východisko.
Detekce mutací v 15. exonu APC genu u pacientů s familiární adenomatózní polypózou je prováděnapomocí Protein Truncation Testu (PTT) na základě přítomnosti zkráceného proteinu. Citlivost metody je omezenaschopností detekovat polypeptid o určité minimální velikosti. Cílem práce je zvýšit citlivost pro sledování výskytumutací v tomto úseku za použití denaturační gradientové gelové elektroforézy (DGGE).Metody a výsledky. Vyšetření bylo provedeno na souboru 122 pacientů, u nichž skrínink celého APC genu neodhalilpřítomnost žádné mutace. Soubor byl rozdělen na dvě nezávislé skupiny:15A a 15A+15B (51, resp. 71 vyšetřovaných).Vzorky DNA všech pacientů byly testovány za použití DGGE. Pozitivní nálezy byly ověřeny sekvenacípříslušných úseků na automatickém sekvenátoru. Ve skupině 15A nebyla ve sledovaném úseku nalezena mutaceu žádného z pacientů (0 %). U skupiny 15A+15B byl zjištěn polymorfizmus u 1 (1,4 %) pacienta a 4 (5,63 %)pacienti se stop mutací.Závěry. Metoda DGGE se ukázala jako účinná technika pro detekci mutací v počáteční oblasti 15. exonuAPC genu.Umožňuje odhalit jakoukoli změnu v řetězci DNA (viz záchyt polymorfizmu). Tímto vhodně doplňuje vlastnostiPTT pro výzkum celého 15. exonu.
Klíčová slova:
familiární adenomatózní polypóza, adenomatózní polyposis coli, APC gen, denaturační gradientovágelová elektroforéza.
Authors:
D. Konvalinka; E. C. Bik 1; C. M. Tops 1; E. Bakker 1; A. R. Singh; R. Vrtěl; J. Šantavý
Authors‘ workplace:
Ústav lékařské genetiky a fetální medicíny LF UP a FN, Olomouc 1Center for Human and Clinical Genetics, LUMC, Leiden, The Netherlands
Published in:
Čas. Lék. čes. 2004; : 543-546
Category:
Overview
Background.
Protein Truncation Test (PTT) was used to detect mutations in exon 15 of the APC gene in patientswith Familial Adenomatous Polyposis. This method is limited by its ability to detect polypetide chains up to a certainminimum length. The aim of this study was to increase the sensitivity of detection of mutations in this region byusing the technique of Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE).Methods and Results. Study were performed on 122 patients without detected mutations in the APC gene. Thepatients were divided into two independent groups 15A and 15A+15B (with 51 and 71 patients respectively). Allthe patients were tested with the DGGE and the positive findings were confirmed with sequencing. No mutation wasdetected in the group 15A (0 %). In group 15A+15B one (1,4 %) polymorphism and four (5,63 %) patients withnonsense mutations were detected.Conclusions. DGGE is an effective method for detecting mutations in the first part of exon 15 of APC gene. It allowsdetecting any change in DNA strand. DGGE complements PTT in scanning of the whole exon 15 of APC gene.
Key words:
familial adenomatous polyposis, adenomatous polyposis coli, APC gene, denaturing gradient gelelectrophoresis.
Labels
Addictology Allergology and clinical immunology Angiology Audiology Clinical biochemistry Dermatology & STDs Paediatric gastroenterology Paediatric surgery Paediatric cardiology Paediatric neurology Paediatric ENT Paediatric psychiatry Paediatric rheumatology Diabetology Pharmacy Vascular surgery Pain management Dental HygienistArticle was published in
Journal of Czech Physicians
- FDA Warns Against Self-Monitoring Glucose Using Smartwatches. What About in Czechia?
- Alopecia Areata – Autoimmune Inflammatory Disease and a New Targeted Treatment Option
- Minimally Invasive Treatment of Pilonidal Sinus: Laser and Negative Pressure Therapy as a Gentle and Effective Modality
Most read in this issue
- The Use of Bioimpedance Analysis for the Assessment of Relative Body Fat in Obese Women
- Non-compliance – Some Myths, Some Facts
- Suprasegmental Effects of Selective Posterior Rhizotomy
- Nijmegen Breakage Syndrome in Slovakia