Disease CausingMutation versus Neutral Polymorphism: Use of Bioinformatics in DNADiagnostics
Onemocnění způsobující mutace versus neutrálnípolymorfizmus: využití bioinformatiky v DNAdiagnostice
V současné době prudce narůstá množství identifikovaných genů, které jsou-li poškozeny nebo je-li změněna jejichfunkce či regulační vztahy způsobují dědičnou predispozici k určitému onemocnění. Molekulárně genetická diagnostikaje nyní dostupnou součástí vyšetření u řady geneticky podmíněných chorob. Laboratorní metody umožňujídetekci široké škály mutací, které lze obecně definovat jako odchylky od specifické DNA sekvence ve srovnánís referenční sekvencí zveřejněnou v genové databázi. V některých případech je však obtížné rozlišit, zda je detekovanásekvenční varianta hledanou onemocnění způsobující mutací nebo zda se jedná o neutrální (polymorfní) variantunemající vztah k onemocnění jedince. Dědičné formy komplexních onemocnění, jako jsou například hereditárníformy nádorových onemocnění, jsou z hlediska interpretace závažnosti mutace velmi problematickou skupinou.Další analýzy na DNA a na proteinové úrovni s využitím bioinformatiky však mohou míru patogenity sekvenčníchvariant nejasného významu odhalit. Určení konkrétní příčiny genetické predispozice k onemocnění a míra patogenityza onemocnění odpovědné mutace má význam pro včasný záchyt jedinců ve velkém riziku onemocnění, pro cílenápreventivní a léčebná opatření a umožňuje v závažných případech prenatální nebo případně také preimplantačnídiagnostiku.
Klíčová slova:
mutace, polymorfizmus, bioinformatika, predikční program, databáze.
Authors:
E. Macháčková
Authors‘ workplace:
Oddělení epidemiologie a genetiky nádorů – Masarykův onkologický ústav, Brno
Published in:
Čas. Lék. čes. 2003; : 150-153
Category:
Overview
Molecular genetic diagnostics is available for increasing number of genetically determined diseases. Awide spectrumof mutations can be detected by laboratory methods. A mutation can be defined as a change in a specific DNAsequence when compared with the reference sequence published in the gene database. However, in some cases it isdifficult to distinguish if the detected sequence variant is a causal mutation or a neutral (polymorphic) variationwithout any effect on phenotype. The interpretation of rare sequence variants of unknown significance detected indisease-causing genes becomes an increasingly important problem. Further analysis on DNA and on protein levelswith the use of bioinformatics are needed to reveal the effect of rare sequence variants. Inherited complex disorders,for example rare hereditary forms of cancer diseases, represent a challenge tomolecular geneticists. The identificationof exact causal mutation directly responsible for the development of the disease and for the assessment of diseaserisk resulting from this genetic variation has further implications. Predictive genetic diagnostics allows identifyrelatives at high risk of genetically determined disease and use of targeted preventive and therapeutic approaches.In severe cases it allows also prenatal or pre-implantation diagnostics.
Key words:
mutation, polymorphism, bioinformatics, predictive program, database.
Labels
Addictology Allergology and clinical immunology Angiology Audiology Clinical biochemistry Dermatology & STDs Paediatric gastroenterology Paediatric surgery Paediatric cardiology Paediatric neurology Paediatric ENT Paediatric psychiatry Paediatric rheumatology Diabetology Pharmacy Vascular surgery Pain management Dental HygienistArticle was published in
Journal of Czech Physicians
- FDA Warns Against Self-Monitoring Glucose Using Smartwatches. What About in Czechia?
- Alopecia Areata – Autoimmune Inflammatory Disease and a New Targeted Treatment Option
- Minimally Invasive Treatment of Pilonidal Sinus: Laser and Negative Pressure Therapy as a Gentle and Effective Modality
Most read in this issue
- New Antiparasitic Drugs
- Renal Artery Embolism – Review of the Literature
- Hormones and Well Being of the Aging Men
- Fluorescence Cystoscopy with 5-Aminolevulinic Acid